In wechselnden Ausstellungen werden vor allem Exponate burgenländischer Künstler präsentiert.

Das Wertheimerhaus im ehemaligen jüdischen Viertel gilt als Rarität, da es als eines der wenigen Häuser den zerstörerischen Gewaltakten der Nazis nicht zum Opfer gefallen ist. Deshalb kann sogar die Privatsynagoge des Bankiers und Oberrabbiners Samson Wertheimer (1658-1724) heute noch besichtigt werden. Darüber hinaus widmet sich das Museum der gesamtösterreichischen jüdischen Thematik und der Dokumentation des kulturellen Beitrags des österreichischen Judentums vom Ende des 12. Jh. bis in die Gegenwart.

Berühmt war das Genie schon zu Lebzeiten. Als fürstlicher Kapellmeister am Hof des Fürsten Esterházy erwarb Haydn das Barockhaus in der heutigen Haydn-Gasse. Hier lebte er zwölf Jahre lang und schrieb zahlreiche Klavierstücke und Opern sowie über hundert Sinfonien - darunter die deutsche Nationalhymne. Der ehemalige Wohnbereich ist mit Möbeln aus der Haydn-Zeit eingerichtet. Außerdem sind Leben und Werk des berühmten Komponisten mit Erst- und Frühdrucken ausgewählter Werke dokumentiert.

In reizvollen Laubengängen und Innenhöfen wird die Geschichte der Region dokumentiert.