Im 13. Jahrhundert wurde die Kirche auf den Grundmauern der einstigen, zerstörten Reichsburg Nydegg errichtet. Bis in die Neuzeit wurde das Gotteshaus stetig umgebaut und erweitert und schließlich im 20. Jahrhundert runderneuert. Nach der Reformation dienten die heiligen Hallen sogar eine Zeit lang als Kornspeicher und Lagerhalle. Heute werden in der kleinen Kirche gelegentlich klassische Konzerte abgehalten.

Der schönste protestantische, barocke Kirchenbau der Schweiz wurde in den Jahren 1726 bis 1729 unter der Leitung Niklaus Schildknechts erbaut. Die Kirche besitzt einen rechteckigen Grundriss und eine reich gegliederte Fassade. Im Innenraum dominieren 14 Sandsteinsäulen, die das Tonnengewölbe des Schiffes tragen und eine umlaufende Galerie einspannen. Sehenswert sind die freistehende Kanzel und die Deckenstuckarbeiten.

Seit 1623 nutzen französischsprachige Protestanten die 1270 bis 1290 vom Dominikanerorden errichtete einstige Klosterkirche und gaben ihr den Namen. Besonders schön in Berns ältester Kirche ist der Lettner, ein kunstvoller Einbau, der den Chor vom restlichten Kirchenraum abtrennt. 1495 wurde er mit Malereien versehen. Die barocke Westfassade wurde 1753 angebaut und steht in deutlichem Kontrast zum restlichen Gebäude, das im schlichten Stil der sogenannten Bettelordensgotik errichtet wurde.

Berns erster römisch-katholischer Kirchenbau wurde 1892 nach der Reformation errichtet und der Dreifaltigkeit geweiht. Den Bauauftrag bekam der Luzerner Architekt Heinrich Viktor von Segesser. Das Innere der dreischiffigen neuromanischen Basilika schmücken beeindruckende Wandmalereien, die hauptsächlich Szenen aus dem Alten und Neuen Testament darstellen.

Der Bau der Kirche geht auf einen internationalen Architekturwettbewerb zurück. Der Zuschlag ging an Frankreich - unter anderem an Pierre Joseph Edouard Deperthes, den Architekten des Pariser Rathauses. Nach den Plänen der Baumeister wurde eine der bedeutendsten neugotischen Bauten der Schweiz erschaffen. Heute dient das Gotteshaus dem christkatholischen Bischof als Kathedrale.

Die spätmittelalterliche Kirche ist der größte und bedeutendste spätgotische Sakralbau der Schweiz. Der erste Baumeister Matthäus Ensinger war Spezialist der süddeutschen Gotik und auch an der Konstruktion des Straßburger Doms und der Esslinger Frauenkirche beteiligt. Besonders sehenswert ist das Hauptportal mit dem eindrucksvollen Relief des Jüngsten Gerichts aus über 200 fein gearbeiteten Steinfiguren.